הייעוץ הסביבתי מתחיל מסקר שפכים שמהווה את הבסיס לתכנון תהליכי נכון של מתקן קדם לטיפול בשפכים.

בתהליך של סקר שפכים יוגדרו כמויות השפכים ואיכותם. מפעל מזון ומפעל מתכת שונים באופי השפכים. אבל גם בין שפכי מפעל מזון אחד למפעל השכן יש שונות רבה המחייבת החלטות לגבי אופן הטיפול. האם יורחקו מוצקים מרחפים, או שנדרש לטפל בחומר האורגני המומס. האם תיקון pH מספק או שיש לשקע בוצה מינרלית. האם חריגות הנתרן והכלוריד ניתנות לפתרון או שאולי ניתן לקבל הקלה מרשות המים.

הנדסת התהליך נרתמת לתכנון המתקן.

הידע, הניסיון, והכרת טכנולוגיות רבות מאשפרות מתן פתרון טכנולוגי נכון תוך התחשבות בצרכי המפעל ובעלויות ההקמה וההפעלה.

טיפול בשפכים בעומס אורגני גבוה יכלול לרוב תהליך טיפול אנארובי, ואילו הגעה לערכי פליטה נמוכים ידרוש גם טיפול ארובי בשפכי תעשייה כדוגמת בוצה משופעלת.

תהליכים מודרניים של שילוב ממברנות ( MBR- Membrane BioReactor) או נשאי ביומסה (MBBR – Moving Bed BioReactor) יכולים לתת פתרונות לאי עמידה של מתקן קיים בעומס השפכים שגדל עם השנים.

עם התקדמות האכיפה הסביבתית והבדיקות של תאגידי המים נדרשים המפעלים לעמוד בתקני הפליטה המוגדרים על ידי "כללי תאגידי מים וביוב" (שפכי מפעלים המוזרמים למערכת הביוב). האכיפה והקנסות מחייבות מפעלים לטפל במפגעי השפכים.

לעיתים, התנתקות מוחלטת ממערכת הביוב יכולה לסיים תהליך ארוך של קנסות ושימועים. צמצום השפכים ע"י ריכוזם ואף אידוי ומיצוק (ZLD – Zero liquid discharge) יכולים לפתור בעיות רגולטוריות ותפעוליות, אך מחייבים התאמה מוקפדת של הפתרון לשפכים וניתוח עלויות ההקמה והתפעול (אנרגיה).